Franziska pochodziła z religijnej, katolickiej rodziny. Jej babka należała do Trzeciego Zakonu franciszkańskiego, a ponadto wraz z ojcem dziewczyny, Lorenzem Schwaningerem, należała do Sodalicji Mariańskiej. W 1935 roku Franziska rozważała wstąpienie do zakonu, a w pierwszym okresie znajomości z Franciszkiem to ona dopingowała go, by uczestniczył w nabożeństwach i przystępował do sakramentów. Przed ślubem Franz z narzeczoną pojechali do rodziny Theresie Auer, matki Hildegard, by zaproponować, że zabiorą małą Hildę, nieślubną córkę Franza, do siebie. Matka dziecka i babka odmówiły.
Oznaką początków wewnętrznej przemiany, jakiej doznał Jägerstätter, była podróż poślubna do Rzymu, w którą młoda para wyruszyła już w dniu ślubu. Małżonkowie doczekali się trzech córek, a Franz wykazywał silny związek z nimi i woził je w wózku na spacery.
Okres dwóch pierwszych lat małżeństwa zbiegł się także z ożywioną dyskusją w Kościele na temat encykliki Mit brennender Sorge Piusa XI, w której nie padało wprawdzie ani razu określenie „narodowy socjalizm”, ale była papieskim orędziem potępiającym nazizm (jako przejaw neopogaństwa) oraz politykę prowadzoną przez Niemcy hitlerowskie.