W pierwszym okresie małżeństwa Franziska była bardziej aktywna religijnie niż mąż. Regularnie praktykowała udział w nabożeństwach i przystępowała do sakramentów. Jej postawa intrygowała Franza. Z czasem i on zaczął gorliwiej uczestniczyć w praktykach religijnych. Lokalna społeczność przyjmowała nową postawę Franza z pewnym zdziwieniem – codziennie uczestniczył we mszy św., przystępował do sakramentów i pielgrzymował wraz z żoną do sanktuarium w Altötting. W 1940 wstąpił do franciszkańskiego Trzeciego Zakonu, a rok później został zakrystianem w lokalnej parafii. Przemiana była możliwa dzięki wsparciu żony, która wywodziła się z wierzącej rodziny. Po latach Franziska wspominała, że obydwoje „wzajemnie pomagali sobie w wierze”. Wspólnie czytali Biblię, ale lektura teologiczna była już tylko domeną Franciszka, bowiem Franziska była zbyt zmęczona po pracy w gospodarstwie i opiece nad dziećmi.
Przełom Jägerstätter opisywał, że w styczniu 1938 miał sen, w którym widział pociąg jadący wokół góry, którego wagony były zapełnione dorosłymi i dziećmi z okolicy, a słyszany we śnie głos miał wyjaśniać, że „ten pociąg jedzie do piekła”.