Początkowo pojazdy na stałe były przypisane do obsługi najbardziej obciążonych linii 7 i 23.
Początek XXI wieku
Ze względu na malejącą liczbę pasażerów na przełomie wieku XX i XXI, zdecydowano kupić pojazdy o mniejszej pojemności. W 1999 roku strukturę taboru wzmocnił zakup 3 autobusów Jelcz L090M (#51-53), które ze względu na dużą awaryjność służyły tylko 10 lat. W 2000 roku zakupiono 3 sztuki, a w 2001 roku dokupiono jeszcze jednego Jelcza L100I (#54-#57). Od 2003 do 2007 roku MPK posiłkowało się zakupem Solbusów B9,5 (#58-#65), natomiast w 2008 roku zakupiono Solbusa SN11M (#66). W zamian sukcesywnie wycofywane z eksploatacji były Jelcze PR110.
W kolejnych latach przestarzały tabor, brak inwestycji oraz spadająca liczba pasażerów miały negatywny wpływ na funkcjonowanie komunikacji, co spowodowało szybki regres siatki połączeń do ościennych gmin. Stale spadała liczba oferowanych tras oraz ilość kursów linii komunikacyjnych, co doprowadziło w latach 2007-2008 do bardzo trudnej sytuacji nowosądeckiego przewoźnika. W styczniu 2007 roku współpracę z MPK Nowy Sącz znacząco ograniczyła gmina Stary Sącz, a w lipcu Kamionka Wielka.