Trzy były komentarzami do prac Euklidesa, Teodozjusza i Johannesa de Sacrobosco. Sześć prac poświęcił obronie reformy kalendarza.

Komentarze do dzieła Euklidesa, i własna edycja piętnastu ksiąg autorstwa tego greckiego uczonego ukazała się w 1574 roku. Była później kilka razy edytowana i ponownie wydawana, używali jej jezuici w niemal wszystkich swoich szkołach. W tej pracy Clavius jawił się jako zwolennik niektórych postulatów "nowej nauki". Podkreślał konieczność zgłębiania geometrii, gdyż jego zdaniem była ona nauką opisującą cały świat. Edycja dzieł Euklidesa zawierała nie tylko wyniki jego badań, ale także autorskie spostrzeżenia Claviusa. Najważniejszym z nich było zastosowaniue rozwiązań numerycznych do twierdzeń geometrycznych, podczas gdy starożytni Grecy oddzielali teorię geometryczne od ich zastosowań. Niektóre z rozwiązań proponowanych przez Claviusa były zbliżone do teorii Kartezjusza dotyczących geometrii analitycznej. Kolejna jego praca dotycząca praktycznych zastosowań matematyki, Arithtmetica Practica, do 1738 roku doczekała się 35 edycji oraz wznowień i przez długi czas była jednym z ważniejszych podręczników z jakich uczyli się jezuiccy studenci. Jedną z innowacji zastosowaną przez Claviusa w tej pracy było używanie kropki na końcu danego numeru aby oddzielić go od innych oraz stawianie kropki nad numerami.