Współczesne używanie kropki w notacji dziesiętnej wywodzi się właśnie od Claviusa. Praca zawierała również nowy algorytm służący do dzielenia liczb, podobny do tego używanego dzisiaj. W 1608 roku ukazała się kolejna praca Claviusa dotycząca matematyki, tym razem algebry i taki też nosiła tytuł. Christoph przy jej pisaniu korzystał z prac Pedro Nunesa, którego być może poznał w czasie pobytu w Portugalii. Clavius zaproponował tam kilka nowych rozwiązań dotyczących notacji oraz przedstawił rozwiązania siedemdziesięciu problemów algebraicznych. Jego propozycje co do notacji nie przyjęły się jednak na zbyt długi czas. Powodem tego stanu rzeczy były osiągnięcia Kartezjusza w tej dziedzinie, którego prace przyćmiły poprzedników.
Najważniejszą pracą w dziedzinie astronomii były komentarze do Tractatus de sphaera Johannesa de Sacrobosco. Dzieło Sacrobosco, będące zbiorem osiągnięć astronomii greckiej zebranych przez Ptolemeusza, było jedną z najpopularniejszych prac dotyczących astronomii w Średniowieczu. Komentarze Claviusa ukazały się w 1570 roku, pod tytułem In sphaeram Joannis de Sacrobosco commentaries i zawierały całość poglądów na ówczesną astronomię. Komentarze zawierały o wiele większą ilość materiału niż oryginalne dzieło.