Dowbor-Muśnickiego, o nakłanianie do dezercji oraz o wystąpienie wraz z innymi legionistami przeciw wkraczającym oficerom por. Janowi Schillingowi i kpt. Janowi Băleanu, przeciw którym użył broni, za co miał być ukarany w myśl art. 328a wojskowego kodeksu karnego. W jego sprawie interweniował u cesarza Karola I Habsburga legat papieski ks. Ratti, przyszły papież Pius XIJ. Panaś, My Druga …, s. 278. 2 października ksiądz został ułaskawiony i kilka dni później wraz z pozostałymi sądzonymi, wypuszczony z więzieniaP. Stawarz, op. cit., s. 103.
Działalność do przewrotu majowego W listopadzie 1918 uczestniczył w polsko-ukraińskich walkach o Przemyśl. Był jednym z organizatorów polskich oddziałów ochotniczych, a od 5 listopada 1918 dowódcą grupy „San”. Następnie do maja 1919 brał udział w walkach o LwówL. Fac, Sylwetki przemyskie, Ksiądz Józef Panaś, „Przemyski Informator Kulturalny”, nr 1(6), Przemyśl 1997, s. 34.. Został zweryfikowany ze starszeństwem w stopniu proboszcza (odpowiadający stopniowi podpułkownika) ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919. W lipcu 1919 stał się jednym z głównych inicjatorów powstania Straży Mogił Polskich Bohaterów, która zainicjowała budowę Cmentarza Orląt LwowskichS. Nicieja, Cmentarz obrońców Lwowa, Wrocław-Warszawa-Kraków 1990, s. 71.. Ułożył specjalny statut dla tej organizacjiTamże, s. 71.