0,5 mm długości, przeważnie mających zaostrzony i zagięty do środka koniec. Działek kielicha brak. Pręcików jest 5, o białych nitkach i jasnożółtych pylnikach. Słupki dwa, wygięte na dwie strony. Znamię drobne, główkowate. Słupki osadzone na stylopodium osiągającym połowę ich długości.
Owoc Kuliste rozłupnie o długości 1–1,3 mm i szerokości 1,1–1,4 mm (rozłupnia jest nieco szersza niż dłuższa), na szczycie z odgiętymi trwałymi szyjkami słupka. Na wielkość owoców mają wpływ warunki rozwoju rośliny – w optymalnych są one większe. Poszczególne rozłupki na przekroju są tępo 5-kątne ze słabo zaznaczonymi żebrami. Masa owocu wynosi 0,27 ± 0,04 mg.
Gatunki podobne Pęczyna błotna może być mylona z pospolitymi na podobnych siedliskach młodymi okazami potocznika wąskolistnego Berula erecta i marka szerokolistnego Sium latifolium, których pędy kwiatostanowe są jednak wzniesione, ulistnione, a kwiatostany na nich niemal siedzące (u pęczyny pędy są zawsze płożące, a kwiatostany wznoszą się na co najmniej kilkucentymetrowej szypule). Bardzo podobna jest pęczyna węzłobaldachowa Helosciadium nodiflorum, która jednak ma maksymalnie dwie pokrywy i szypuły baldachów krótsze od szypułek baldaszków.