Gatunek ten w formie lądowej może współwystępować z pęczyną błotną na łąkach i bywa wówczas niemal nierozróżnialny do tego stopnia, że konieczne jest wykonywanie badań genetycznych dla ustalenia przynależności taksonomicznej roślin. W Polsce jednak problem jest o tyle niewielki, że pęczyna węzłobaldachowa znana jest tylko z jednej lokalizacji – Królowa w lubuskim. Podobna w formie lądowej pęczyna wodna Helosciadium inundatum nie ma wcale pokryw, a jej listki mają nasady klinowate, a nie zaokrąglone jak u selerów błotnych.
Biologia thumb|Siewka selerów błotnych
Rozwój thumb|Węzeł z rozwijającymi się liśćmi thumb|Rozłóg pęczyny błotnej thumb|Owocująca pęczyna błotna W zależności od warunków występowania gatunek może być uznawany za hemikryptofita, helofita lub hydrofita. Wśród roślin o klonalnym typie wzrostu pęczyna błotna zaliczana jest do grupy Fragaria vesca cechującej się dominacją rozprzestrzeniania się za pomocą rozłogów przy relatywnie krótkiej długości życia poszczególnych ramet. Kwitnienie trwa od czerwca do października. Znaczną rolę odgrywa samopylność. Owoce dojrzewają od sierpnia do października.