W 2015 Poczta Polska wydała w nakładzie 320 tys. sztuk upamiętniający ks. Twardowskiego znaczek pocztowy o nominale 1,75 zł zaprojektowany przez Marzannę Dąbrowską.

W czerwcu 2015 na terenie kościoła parafialnego przy ulicy Alfreda Nobla w Warszawie (gdzie ks. Jan Twardowski był wikariuszem w latach 1957–1958) odsłonięto głaz pamiątkowy.

16 listopada 2016 roku odbyła się uroczystość nadania imienia ks. Jana Twardowskiego Specjalnemu Ośrodkowi Szkolno-Wychowawczemu w Ostrołęce.

Odznaczenia Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski (pośmiertnie, 2006)M.P. 2006 nr 21, poz. 237 za wybitne zasługi w upowszechnianiu humanistycznych wartości, za osiągnięcia w twórczości literackiej, Medal Polonia Mater Nostra Est (1999), Order Ecce Homo (1999), Order Uśmiechu (1996).

Nagrody Nagroda PEN Clubu im. Roberta Gravesa za całokształt twórczości (1980), Nagroda Literacka im. Władysława Reymonta (1996), Nagroda Złotego Feniksa (przyznana przez Stowarzyszenia Wydawców Katolickich) (1999), Doktorat honoris causa Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego (1999), Nagroda Ikara (2000), Dziecięca Nagroda „Serca” (2000), Nagroda TOTUS (2001), Honorowe obywatelstwo Tarnowskich Gór (2003)., Nagroda Miasta Stołecznego Warszawy (2005). Przypisy