Imię ks. Jana Twardowskiego noszą lub nosiły szkoły m.in.: we Wrocławiu (Gimnazjum nr 17 przy ul. Ślężnej), w Goleniowie (Szkoła Podstawowa nr 5 z oddziałami sportowymi przy ul. Norwida 1), w Częstochowie (Społeczna Szkoła Podstawowa nr 1 STO przy ul. Brzeźnickiej), w Czechowicach-Dziedzicach (Szkoła Podstawowa nr 10), w Krakowie (XLI Liceum Ogólnokształcące, dawniej Gimnazjum nr 4), w Nowym Sączu (Gimnazjum nr 2), w Warszawie (Szkoła Podstawowa nr 306), w Barłominie (Szkoła Podstawowa), w Janiszewicach (Szkoła Podstawowa), w Konstancinie-Jeziornie (Zespół Szkół nr 3 przy ul. Bielawskiej), w Człekówce (Szkoła Podstawowa), w Lisnowie (Szkoła Podstawowa), w Ząbkach (Publiczna Katolicka Szkoła Podstawowa), w Oleśnicy (Liceum Ogólnokształcące nr 2), w Baranowie Sandomierskim (Szkoła Podstawowa), w Kamiennej Górze (Szkoła Podstawowa nr 1) Szkoła Podstawowa nr 1 im. ks. Jana Twardowskiego w Kamiennej Górze(2026.05.26) (pl) w Sierpcu (Szkoła Podstawowa nr 3), w Katowicach (Szkoła Podstawowa nr 37), w Lubartowie (Szkoła Podstawowa nr 1), w Horodyszczu (Szkoła Podstawowa) i w Siennej (Zespół Szkolno-Przedszkolny).
Imię ks. Jana Twardowskiego nosi także Szkoła Polska w Bellevue w stanie Waszyngton w Stanach Zjednoczonych.