Patriarcha Aba I (497-502), potwierdził i umocnił duchowe przywództwo Teodora, potwierdzając adaptację nestorianizmu przez Kościół.

Mocno osadzony w perskim imperium, z centrami w Nisibisie, Ktezyfonie i Gundeszapurze oraz kilkoma metropoliami, Kościół Wschodu zaczął rozprzestrzeniać się poza granice państwa Sasanidów. VI wiek, jednak, pełen był wewnętrznych sporów i ponownych prześladowań ze strony zaratusztrian. Wewnętrzne tarcia doprowadziły do schizmy, trwającej od 521 do 539 roku. Problemom nie było jednak końca, gdyż rzymsko-perska wojna wywołała kolejną falę prześladowań, której przewodził król Chosrow I. Kościół przetrwał te burzliwe czasy pod panowaniem Aby I, będącego konwertytą z zaratusztrianizmu.

U krańca V i w połowie VI wieku w skład terenów zajmowanych przez nestorian wchodziły „wszystkie kraje na wschód i leżące na bliskim zachodzie od Eufratu” – Persja, Egipt, Syria, Półwysep Arabski, Sokotra, Mezopotamia (Asyria i Babilonia), Media, Baktria, Hyrkania oraz IndieStewart, ss. 13–14. W hierarchii poniżej patriarchów znajdowali się metropolici; kler nestoriański był obecny wśród Hunów, w Persarmenii, na wyspie Dioscoris i Oceanie Indyjskim.

Panowanie islamskie