Pod panowaniem Sasanidów liczebność wiernych rosła, a po podboju islamskim zostali uznani jako dhimmi i objęci ochroną. Od VI wieku nestorianie rozrośli się znacznie, zakładając społeczności w Indiach (Chrześcijanie Świętego Tomasza), Azji Środkowej (zwłaszcza wśród plemion mongolskich) i Chinach za panowania dynastii Tang. W wiekach XIII i XIV, pod panowaniem imperium mongolskiego nestorianie znaleźli się u szczytu ekspansji geograficznej.

Od XIV wieku rozpoczął się powolny upadek Kościoła Wschodu, wywołany wpływami zewnętrznymi. Imperium mongolskie rozpadło się na pomniejsze, często zwaśnione państwa, dynastia Ming obaliła potomków Kubiłaja-chana i wydaliła chrześcijan oraz innych obcych kulturowo (w tym manichejczyków), zaś wielu zamieszkujących Środkową Azję Mongołów przyjęło islam. Muzułmański przywódca Mongołów Timur Chromy (1336–1405) prawie do szczętu wytępił chrześcijan zamieszkujących Persję – chrześcijaństwo nestoriańskie zostało w wielkiej części ograniczone do Górnej Mezopotamii oraz Wybrzeża Malabarskiego. Schizma z XVI wieku wyłoniła odrębne kościoły – Asyryjski Kościół Wschodu, oraz pozostające w unii ze Stolicą Apostolską Kościół chaldejski i kościoły wschodnie.