Organizacja i struktura Głowa kościoła, patriarcha, nosił także tytuł katolikosa. Podobnie jak w wyznaniach, z których wyewoluował ordynacja dzieliła kler na trzy tradycyjne stopnie – diakona, kapłana (lub prezbitera) oraz biskupa. Jeśli chodzi o podział terytorialny również nie było różnic: diecezje, na czele których stał biskup, złożone z parafii kierowanych przez kapłanów. Diecezje zorganizowane były w prowincje pod przywództwem metropolitów, których pozycja odgrywała znaczącą rolę w funkcjonowaniu całego Kościoła – kanonicznie tylko oni posiadali władzę konsekrowania patriarchówWilmshurst, Ecclesiastical Organisation of the Church of the East, s. 21–2. Patriarchowie stawali na czele swojej prowincji.
Przez większość historii Kościół posiadał sześć „prowincji wewnętrznych” w Mezopotamii i zachodniej Persji, oraz różną liczbę „prowincji zewnętrznych”;