Z kolei lata 90. w Japonii były okresem stagnacji w całym społeczeństwie, wywołanym pęknięciem „bańki spekulacyjnej”. Następnie Japonia doświadczyła tak zwanej „straconej dekady”, która w rzeczywistości składała się z ponad dekady deflacji cen i znacznej stagnacji PKB, ponieważ japońskie banki walczyły o pozbycie się niespłaconych kredytów, a firmy w innych sektorach przeszły restrukturyzację.
thumb|250px|Logo z popularnego w latach 90. anime Bishoujo Senshi Sailor Moon Jednak lata 90. były także erą „boomu anime”, kiedy to konwenty animacji i anime stały się coraz bardziej popularne, a kilka medialnych serii anime zyskało światową popularność.
W 1995 południową część prefektury Hyōgo nawiedziło silne trzęsienie ziemi. W tym samym roku sekta Najwyższej Prawdy przeprowadziła atak gazem sarin w tokijskim metrze.
11 grudnia 1997 roku w Kioto 192 strony przyjęły Protokół z Kioto, międzynarodowy traktat regulujący emisje gazów cieplarnianych.
left|thumb|150px|Ceremonia otwarcia Zimowych Igrzysk Olimpijskich w Nagano 1998 (w górnym rogu zdjęca widać cesarza i cesarzową Japonii) W 1998 roku Japonia była gospodarzem Zimowych Igrzysk Olimpijskich w Nagano.