W erze Heisei Japonia powróciła na mapę świata jako potęga militarna. W 1991 roku zobowiązała się do wsparcia wojny w Zatoce Perskiej kwotą 10 mld USD, ale art. 9 konstytucji uniemożliwił jej udział w samej wojnie. Jednak po wojnie, od 26 kwietnia do października 1991 roku, sześć trałowców Morskich Sił Samoobrony zostało rozmieszczonych w celu usunięcia 34 min w Zatoce Perskiej, aby poprawić bezpieczeństwo statków.
Po rozpoczęciu drugiej inwazji na Irak w 2003 roku premier Junichiro Koizumi zatwierdził rozmieszczenie jednostki Sił Samoobrony, która została rozmieszczona w celu wsparcia odbudowy Iraku. Była to pierwsza operacja wojskowa poza granicami kraju od czasów II wojny światowej (z wyłączeniem misji wspieranych przez ONZ). thumb|250px|Żołnierze Japońskich Sił Samoobrony w Iraku
W 2002 Japonia była współgospodarzem Mistrzostw Świata FIFA 2002 wraz z Koreą Południową, po raz pierwszy impreza odbyła się w Azji i po raz pierwszy była współorganizowana przez więcej niż jeden kraj.
23 października 2004 roku trzęsienie ziemi nawiedziło prefekturę Niigata.
W listopadzie 2005 sonda kosmiczna JAXA Hayabusa wylądowała na asteroidzie i zebrała próbkę gruntu z jej powierzchni. 13 czerwca 2010 roku sonda powróciła na ziemię.