Początkowo stacjonował w zatoce Cam Ranh, a jego oddział uczestniczył w działaniach w ramach programu Feniks, polegających na zwalczaniu struktur Vietcongu.
Wydarzenia w Thanh Phong 25 lutego 1969 roku oddział SEAL dowodzony przez Kerreya przeprowadził operację we wsi Thanh Phong, około 120 km na południowy wschód od Sajgonu. Według oficjalnego raportu marynarki wojennej, w wyniku akcji zginęło 21 bojowników Vietcongu, a Kerrey został odznaczony Brązową Gwiazdą.
W swoich wspomnieniach Kerrey pisał, że podczas akcji doszło do wymiany ognia, w wyniku której zginęli cywile, w tym kobiety i dzieci. W 2001 roku amerykański dziennik „New York Times” i stacja CBS opublikowały informację sugerujące, że przebieg wydarzeń różnił się od oficjalnej wersji i że doszło do zabicia mieszkańców bez rozróżniania bojowników Vietcongu od ludności cywilnej. Według jednego ze świadków komandosi mieli rozstrzelać kilkunastu cywilów. Inni uczestnicy patrolu zaprzeczali tym relacjom, twierdząc, że atak był odpowiedzią na ostrzał. Raport armii amerykańskiej z 27 lutego 1969 roku odnotował skargę lokalnego mieszkańca na zabicie 24 osób, w tym 13 kobiet i dzieci. Po skonfrontowaniu z tymi dowodami Kerrey wyznał: „To znacznie więcej niż wina. To ogromny wstyd. Nigdy, przenigdy nie uda mi się go zmazać.