Między rysunkiem a Ołtarzem dostrzegamy szereg niewielkich różnic, które wynikały z natury twórczej artysty, natomiast Stwosz zachował ogólną koncepcję i kompozycję dzieła i zawarte w nim treści ideowe.

Obecny Ołtarz Bamberski jest to montaż zachowanych elementów: z awersów skrzydeł bocznych zachowały się jedynie sceny Pokłonu Trzech Króli i Ofiarowanie w Świątyni, a przedstawienia Ucieczki do Egiptu i Narodzin Marii znajdują się na miejscu nieistniejących scen Zwiastowania oraz Nawiedzenia. W scenie głównej brakuje figur, które zdobiły łuk obramowujący główną scenę (kolejne nawiązanie do kompozycji krakowskiego Ołtarza Mariackiego). Predellę zdobiły trzy sceny z Księgi Rodzaju – Stworzenie Ewy, Wygnanie Adama i Ewy z Raju, oraz Ofiara Izaaka.

Nie zachowały się również naczółki wieńczące ołtarz: półokrągłe – powyżej skrzydeł bocznych, trójlistny – powyżej sceny głównej. Na szczytach naczółków znajdowały się pełnoplastyczne figury: Chrystusa, Marii i Św. Jana (środkowy naczółek) oraz dwóch proroków – w tym Eliasza.

Datowanie Sprawę datowania powszechnie opiera się na dokumencie umowy przeora karmelitów Andrzeja Stwosza ze swoim ojcem, gdzie figuruje data 1520.