Ewakuacja była konieczna, ponieważ strumienie lawy płynęły już w kierunku wschodniej strony miasta, a cała wyspa zagrożona była intensywnym opadaniem popiołu.
Z powodu sztormu o sile około 12 stopni w skali Beauforta i trwających od kilku dni silnych opadów deszczu, niemal cała flota rybacka w liczbie około 60–70 jednostek znajdowała się w porcie, co znacznie pomogło w organizacji szybkiej ewakuacji. Mieszkańcy zostali ostrzeżeni o zagrożeniu dźwiękiem syren strażackich i zebrali się przed portem, zabierając ze sobą tylko rzeczy osobiste. Pierwsze łodzie odpłynęły do Þorlákshöfn około godziny 2:30, już w pół godziny od początku erupcji.
Większość ludzi opuściła wyspę w łodziach. Szczęśliwie strumienie lawy i emisja materiału piroklastycznego nie dotarły do pasa startowego na Heimaey, dzięki czemu wyspę mogły opuścić drogą lotniczą osoby niemogące podróżować drogą morską (głównie pacjenci szpitala oraz osoby starsze w liczbie około 300). Ewakuacja niemal wszystkich mieszkańców (5 300 ludzi) zajęła sześć godzin. Na wyspie pozostało od 200 do 300 osób, celem przeprowadzenia niezbędnych czynności i ocalenia mienia z zagrożonych domów. W związku z wyjątkową sytuacją, bydło, konie i owce zostały ubite.