W 1739 roku dzięki środkom wojewody bełskiego Antoniego Michała Potockiego zbudowano wysmukłe hełmy, które w 1740 roku pobito blachą. W 1784 roku w kościele umieszczono pomnik króla Stanisława Augusta Poniatowskiego.
W 1856 roku rozebrano wysokie barokowe hełmy wież, odtąd nakryte niskimi namiotowymi dachami znanymi z zachowanych widoków. Decyzją rosyjskiego gubernatora Konstantina von Kaufmana, w ramach represji po Powstaniu styczniowym kościół został zamknięty w dniu 22 października 1865 roku. Kościół został zburzony przez Rosjan w 1874 roku, zachował się jednak z niego fragment południowej nawy bocznej, którą wraz z biegnącym wzdłuż niej korytarzem i tzw. starym klasztorem przebudowano na północne skrzydło Gimnazjum. Wnętrze nawy podzielono na trzy kondygnacje, korytarz zaś nadbudowano o piętro. Na miejscu kościoła powstał niezabudowany placyk z popiersiem marszałka Sokołowskiego.