W 1985 roku zespół wydał nowe EP – Back to the Known, na której gitarzystą był Greg Hetson (grał wcześniej solówkę w utworze Part III na How Could Hell Be Any Worse?) z Circle Jerks.
Bad Religion reaktywowali się w 1987 roku z dwoma gitarzystami: Gurewitzem i Hetsonem i wydali kolejny album – Suffer (1988). Następne płyty: No Control (1989) oraz Against the Grain (1990), których nakład przekroczył 100 tys. egz. zwiększyły popularność grupy. Przed sesją nagraniową do albumu Generator w 1992 roku zespół opuścił perkusista Pete Finestone, którego zastąpił Bobby Schayer. W 1993 roku po nagraniu kolejnego LP Recipe for Hate Epitaph odsprzedał prawa do albumu większej wytwórni Atlantic Records, gdzie odtąd miały się ukazywać wszystkie płyty Bad Religion aż do 2000 roku. Wydanie Stranger Than Fiction w 1994 roku przyniosło zespołowi największy sukces komercyjny, jednak wkrótce po tym opuścił go gitarzysta Brett Gurewitz. Oficjalnym powodem odejścia był nadmiar obowiązków, spowodowany prowadzeniem wytwórni Epitaph, jednak nie były tajemnicą jego złe relacje z resztą grupy, a w szczególności z basistą Jayem Bentleyem.