Nowym gitarzystą Bad Religion został Brian Baker, znany z takich zespołów jak Minor Threat czy Dag Nasty. Ponieważ Graffin i Gurewitz dotąd dzielili obowiązki pisania utworów, teraz ten ciężar spadł całkowicie na Grega - spowodowało to obniżenie się jakości tekstów, z drugiej strony Brian Baker znacznie wzbogacił brzmienie grupy, która tworzyła już nie tylko proste, punkowe piosenki, co pokazały albumy The Gray Race (1996), oraz No Substance (1998), promowany singlem Raise Your Voice z udziałem Campino – lidera kultowej niemieckiej grupy Die Toten Hosen. Po mniej udanej płycie The New America (2000) popularność grupy zaczęła spadać. Doprowadziło to do odejścia z Atlantic Records w 2001 roku. Niedługo po tym, z powodu poważnych kontuzji ramion, z zespołu musiał odejść perkusista Schayer. Zastąpił go Brooks Wackerman, który grał wcześniej w Suicidal Tendencies. Do Bad Religion wrócił również Brett Gurewitz, a grupa do Epitaph Records. Wydany w 2002 roku The Process of Belief jest uważany przez fanów za powrót do dawnego stylu, sprzed przejścia do wytwórni Atlantic. W 2004 roku ukazał się album The Empire Strikes First. 9 lipca w Europie i 10 lipca 2007 roku w USA ukazała się nowa płyta, która nosi tytuł New Maps of Hell.