Souljacker W 2001 roku został wydany album Souljacker, o wiele mocniejszy od poprzedniego Daisies of the Galaxy. Większość piosenek została napisana razem z Johnem Parishem, który zagrał także na gitarze. Jako basista i klawiszowiec wystąpił Koool G Murder, dołączając do Eels podczas trasy koncertowej. Wim Wenders wyreżyserował wideoklip do piosenki „Souljacker Part I”. Po tym jak Parish został ojcem, na czas amerykańskiej części trasy zastąpił go Joe Gore „Bus Driving, Band Rocking”.
Shootenanny! i odejście Butcha W 2003 roku wydany został piąty album, Shootenanny!. E powiedział o tym nagraniu, że było przerwą w nagrywaniu albumu Blinking Lights and Other Revelations (2005). Płyta została nagrana w studio w ciągu 10 dni. Piosenkę „Saturday Morning” wydano jako singiel.
Społeczeństwo fanów Eels było zszokowane, gdy rok później ogłoszono odejście Butcha z grupy. Oficjalnie ogłoszono rezygnację z udziału w zespole na rzecz poświęcenia się współpracy z Tracy Chapman. Jednakże, w wywiadzie dla „Rhythm Magazine” Butch ogłosił, że opuścił zespół z powodów finansowych: „Objeżdżaliśmy Europę podczas drugiej trasy promującej Souljacker i musiałem ogłosić bankructwo”.