Po zapytaniu kierownictwa o prawa autorskie w zamian za zakończenie partnerstwa, jak twierdzi, zadzwonił do niego „księgowy E, który powiedział: «E nie chce zmieniać struktur», więc żadnych praw… Ciągle jestem urażony. Tak to jest ze znajomościami. Mam jednak nadzieję, że pewnego dnia, kiedy będę chciał wrócić i pracować z E, drzwi wciąż będą dla mnie otwarte, bo to jest właśnie to, co lubię robić.”
Nowym perkusistą został Puddin’. W 2003 roku Eels odbyli następną trasę, Tour of Duty. Na żywo zespół składał się z E, Shona „Golden Boy” Sullivana (gitara), Koool G Murder (gitara basowa) oraz Puddin’ (perkusja). Sullivan wkrótce opuścił grupę w celu rozpoczęcia prac nad własnym projektem, Goldenboy, i został zastąpiony przez Cheta Atkinsa III.
Blinking Lights and Other Revelations, Live with Strings thumb|left|180px|Everett podczas koncertu w Wiedniu (2006) Kolejny album Eels, Blinking Lights and Other Revelations, został wydany 2005 roku jako pierwsze wydawnictwo po zawiązaniu współpracy z Vagrant Records. Składa się z dwóch płyt i zawiera 33 piosenki.