Jest twórcą tzw. „teologii serca”, był przywódcą wspólnoty religijnej Herrnhut (Straż Pańska), dla której opracował własny model nabożeństw. Od 1727 w Herrnhut praktykowano wspólne przystępowanie do Sakramentu Ołtarza osób z różnych wyznań, co było w owych czasach ewenementem. Zinzendorf jest autorem wielu pieśni kościelnych, śpiewanych do dziś w kościołach protestanckich (m.in. pieśń „Serca razem połączone”, dobrze znana też w polskich kościołach protestanckich).
W 1737 roku Nikolaus von Zinzendorf otrzymał od seniora braci czeskich Daniela Ernesta Jabłońskiego ordynację na biskupa braci morawskich. W roku 1739 sfinansował wydanie Biblii w języku estońskim.
Pieśń „Serca razem połączone” Serca razem połączone w Bogu pokój znaleźć chcą! Miłość swą, rozpromienione, niech ku Zbawcy w górę ślą. Jezus głową, my członkami, Światłem On, w nas odblask lśni; On jest Mistrzem, my uczniami, on jest nasz, a Jego my.
Dokładajcie więc starania, by miłować braci swych; Niechaj nikt się z was nie wzbrania, by swe życie dać za nich. Tak nas Pan miłował wiernie, przelewając swoją krew; Jakże boli go niezmiernie, gdy was, braci, dzieli gniew.