50 kurtyzan i prostytutek.

Życie prywatne thumb|Papież Aleksander VI na obrazie Tycjana thumb|Desiderando nui, 1499 Z Vanozzą Cattanei miał pięcioro dzieci: Juana, Cezara, Lukrecję, Joffre i Pedro Luisa. Z nieznanymi kobietami miał: Isabellę i Girolamę oraz Rodriga. Z Giulią Farnese miał córkę: Laurę.

Sporne jest pochodzenie urodzonego w 1498 Giovanniego Borgii. Aleksander VI 1 sierpnia 1501 wydał dwie sprzeczne ze sobą bulle, z których pierwsza podawała, że ojcem Giovanniego jest Cezar Borgia, a druga, że sam Aleksander VI. Pojawiały się nawet teorie, że Giovanni jest owocem kazirodczego związku Lukrecji z Aleksandrem VI. Obecnie pewną popularnością wśród badaczy cieszy się hipoteza, że był on nieślubnym synem Lukrecji Borgii i służącego Pedro Calderona, z którym Lukrecja nawiązała romans ok. 1498, a bulle z 1 sierpnia 1501 miały ukryć fakt, że jego ojciec był człowiekiem z niższych warstw społecznych.

Był pradziadkiem Anny d’Este.