Linie metra nie są jedynymi podziemnymi kolejami w Kioto. Dwie aglomeracyjne koleje prywatne, łączące Kioto z Osaką, eksploatują pod śródmieściem podziemne linie „głębokiego wprowadzenia”. Są to linie Hankyū-Kyōto na końcowym odcinku Ōmiya – Kawaramachi, przebiegająca pod ulicą Shi-jō (z 1963 r.), oraz linia Keihan-Honsen/Ōtō-sen, przebiegająca pod wschodnim nabrzeżem rzeki Kamagawa, między stacjami Shichi-jō i końcówką Demachi-Yanagi (z lat 1987 i 1989). Jako jedyne obsługują one rozrywkowo-handlowe centrum miasta funkcjonujące wokół mostu Shijō-Ōhashi. Linie metra zbudowane były z myślą obsługi tradycyjnego śródmieścia, wokół skrzyżowania Karasuma-dōri i San-jō.
Koleje prywatne Hankyū, Keihan, Kintetsu odgrywają istotną rolę w obsłudze ruchu miejskiego. Mniejszą rolę odgrywa kolej JR Nishi Nihon, ale w ruchu miejskim wykorzystywane są szczególnie jej dwie linie, Nara i Sagano.
Kwestie techniczne Sieć zbudowana jest na torze rozstawu normalnego. Obie linie zasilane są z góry prądem =1500V. Linia Karasuma eksploatowana jest w trybie ATC.