Użycie Samoloty Arado Ar 96 od 1940 roku były systematycznie wprowadzane do niemieckich szkół lotniczych i w krótkim czasie stały się one podstawowym samolotem przejściowym do wyższego szkolenia na samoloty myśliwskie i szturmowe. Znalazły się także na wyposażeniu szkół lotniczych w Rumunii, Słowacji i na Węgrzech. Użytkowano je do zakończenia II wojny światowej.
Po zakończeniu II wojny światowej wersja produkowana w Czechosłowacji Avia C-2 znalazła się na wyposażeniu lotnictwa czechosłowackiego i była tam użytkowana do 1955 roku, jako samolot szkolny, a jeszcze do 1958 roku jako samolot do holowania szybowców.
Konstrukcja Samolot Ar 96 był dolnopłatem o konstrukcji całkowicie metalowej. Kadłub o konstrukcji skorupowej i przekroju owalnym mieścił zakrytą kabinę, miejsca załogi były ustawione w tandemie. W wersji A instruktor siedział z przodu, a za nim uczeń, w wersji B zamieniono miejsca. Kadłub był zakończony wolnonośnym usterzeniem, tradycyjnie w konstrukcjach Arado statecznik poziomy był zamocowany na krańcu kadłuba. Skrzydło dwudzielne, wyposażone w klapy i lotki.