Przyjął natomiast uciekinierów, synów Beli I, Gejzę i Władysława.
W 1068 r. stosunki polsko-czeskie uległy naprężeniu. Książęta morawscy Konrad i Otto, poparci przez możnych z rodu Wszeborowiców „posłali i odwołali z Polski swojego brata Jaromira” po to, aby przeforsować jego kandydaturę na biskupa praskiego. Było to wymierzone przeciwko księciu Wratysławowi. Wojska polskie najprawdopodobniej stanęły na Śląsku, gdyż z kroniki Kosmasa wynika, że Wratysław przybył w okolice Kłodzka. Ponieważ Wratysław zgodził się na ustanowienie Jaromira biskupem praskim, nie doszło do wojny domowej w Czechach, a tym samym został chwilowo zażegnany konflikt polsko-czeski.
Gall Anonim opisuje wkroczenie Czechów do Polski, a następnie pościg Bolesława za nimi aż na Morawy. Jesienią 1071 Bolesław stawił się w Miśni przed cesarzem Henrykiem IV. Musiał zapewne udzielić odpowiedzi na skargę obecnego tam Wratysława. Kronikarz Lampert z Hersfeldu podaje, że między oboma książętami istniała „najniebezpieczniejsza zgoda” i dopiero cesarz nakazał im zawarcie pokoju i pozostanie przy swoich granicach. Bolesław wykorzystał zjazd miśnieński do nawiązania kontaktów z opozycją saską. W 1072 Bolesław zaatakował Czechy, zrywając w ten sposób układ miśnieński, w związku z czym 19 maja 1073 r.