W międzyczasie rozwiodła się z Krejcarem.
Po aneksji Czech i Moraw przez Trzecią Rzeszę uczestniczyła w ruchu oporu i pomagała żydowskim rodzinom emigrować z kraju.
W listopadzie 1939 roku za swoją działalność została aresztowana. W następnym roku była deportowana do obozu koncentracyjnego Ravensbrück, gdzie pracowała w ambulatorium i była podporą moralną dla innych więźniarek. W obozie spotkała inną dziennikarkę, Margarete Buber-Neumann, która napisała o niej książkę po wojnie. Zmarła w Ravensbrück w roku 1944.
Mimo iż była wybitną czeską dziennikarką i tłumaczką, stała się znana na całym świecie jako bliska przyjaciółka Franza Kafki (obok Felice Bauer i Julie Wohryzek).
Jej twórczość – felietony, artykuły, świadectwa i reportaże o międzywojennej Europie Środkowej, problematyce jej społeczeństw i powiązań – doczekała się zasłużonego światowego uznania dopiero po II wojnie światowej. W roku 1996 przyznany jej został pośmiertnie Order Tomáša Garrigue Masaryka drugiej klasy. W roku 1995 instytut Jad Waszem w Jerozolimie uhonorował ją tytułem Sprawiedliwej wśród Narodów Świata.
Jest jedną z bohaterek książek: Mariusza Szczygła pt. Gottland (wydanie polskie – 2006), Mariusza Surosza Pepiki. Dramatyczne stulecie Czechów (wydanie polskie – 2010) oraz Hanny Krall pt.