W 1949 r., wraz z żoną, przeniósł się do Warszawy, gdzie mieszkał najpierw w domu studenckim, a następnie we własnym mieszkaniu na Mokotowie.

W marcu 1950 był w gronie ośmiu studentów, członków PZPR, którzy wystąpili z listem otwartym atakującym Władysława Tatarkiewicza, protestując przeciwko dopuszczaniu na prowadzonym przez niego seminarium do czysto politycznych wystąpień o charakterze wyraźnie wrogim budującej socjalizm PolsceList grupy uczestników seminarium filozoficznego profesora Władysława Tatarkiewicza, „Przegląd Filozoficzny” nr 2/1995 (14), s. 88.. Kilka miesięcy później Tatarkiewiczowi odebrano prawo do wykładania i prowadzenia zajęć. Jako członek PZPR był pracownikiem Instytutu Kształcenia Kadr Naukowych przy KC PZPR.

W 1953 r. obronił w Instytucie Filozofii Uniwersytetu Warszawskiego doktorat dotyczący filozofii Barucha Spinozy pt. Nauka Spinozy o wyzwoleniu człowieka, przygotowany pod kierunkiem Adama Schaffa (recenzentami byli Maria Ossowska i Tadeusz Kroński). Był jednym ze współtwórców warszawskiej szkoły historyków idei, profesorem, a w latach 1957–1968 kierownikiem katedry historii filozofii nowożytnej na Uniwersytecie Warszawskim. Jako czołowy rewizjonista marksistowski był według słów Adama Michnika „przywódcą intelektualnym i moralnym rewolty duchowej polskiego Października” 1956.