W roku 1957 został redaktorem naczelnym „Studiów Filozoficznych”.
W 1965 r., wraz z Marią Ossowską i Tadeuszem Kotarbińskim, sporządził opinię w sprawie pojęcia wiadomości, która została wykorzystana przez obronę w procesie Jacka Kuronia i Karola Modzelewskiego, oskarżonych o „rozpowszechnianie (...) fałszywych wiadomości” w napisanym przez nich Liście otwartym do Partii.
Symboliczną i przełomową datą w życiu Kołakowskiego był 21 października 1966. W tym dniu wygłosił na Wydziale Historycznym UW wykład „Rozwój kultury polskiej w ostatnim 10-leciu” upamiętniający Przełom październikowy, a dotyczący sytuacji panującej w polskiej kulturze. Nie jest to jednoznaczny początek nowej drogi Kołakowskiego, lecz raczej kulminacyjny punkt przemyśleń dotyczących zależności pomiędzy marksizmem a religią, oraz publiczne wyrażenie swych wniosków wynikających z tych przemyśleń. W eseju o Jezusie Chrystusie z 1965 pisał między innymi: