Za zbyt radykalną krytykę władz i odchodzenie w nauczaniu studentów od oficjalnego kanonu marksizmu jeszcze 27 października 1966 wydalono go z partii. W jego obronie wysłano do KC list sygnowany przez piętnastu literatów i intelektualistów, w którym domagano się przywrócenia Kołakowskiego w prawach członka. Pod listem podpisali się między innymi: Paweł Beylin, Marian Brandys, Jacek Bocheński, Tadeusz Konwicki, Igor Newerly, Julian Stryjkowski i Wiktor Woroszylski. W 1968, za udział w wydarzeniach marcowych, odebrano mu prawo wykładania i publikowania, co zmusiło go do emigracji.
Po krótkim pobycie w Paryżu Kołakowski wyjechał najpierw do Montrealu, gdzie na przełomie 1968 i 1969 r. wykładał na Uniwersytecie McGilla, a następnie do Kalifornii. Po roku wykładów w Berkeley przeniósł się ostatecznie do Anglii. Tam też mieszkał do śmierci. Jego słynny esej Tezy o nadziei i beznadziejności, opublikowany w paryskiej „Kulturze” w 1971 r., stworzył intelektualny fundament dla strategii opozycji antykomunistycznej, inspirując powstanie Komitetu Obrony Robotników i Uniwersytetu Latającego.