W 1991 r. został członkiem rzeczywistym Polskiej Akademii Nauk. Był członkiem Fundacji im. Stefana Batorego oraz Stowarzyszenia Pisarzy Polskich, członkiem honorowym Radomskiego Towarzystwa Naukowego. Przed wyborami parlamentarnymi w 2001 był członkiem wyborczego komitetu honorowego Unii Wolności. 29 kwietnia 2005 Leszek Kołakowski z inicjatywy Stowarzyszenia Przyjaciół Garbatki otrzymał tytuł Honorowego Obywatela Gminy Garbatka-Letnisko (przebywał w niej w czasach II wojny światowej). Od 2006 r. był honorowym członkiem Rady Fundacji Centrum Twórczości Narodowej.
Zmarł 17 lipca 2009 w szpitalu w Oksfordzie.. Jego ciało zostało 28 lipca sprowadzone do Polski, a 29 lipca pochowane na cmentarzu Wojskowym na Powązkach (kwatera 2A-aleja zasłużonych-6).
Rodzina Był synem Jerzego Juliana Kołakowskiego, działacza społecznego i oświatowego, publikującego pod pseudonimem Jerzy KaronLeszek Kołakowski – honorowy radomianin, „Bibliotekarz radomski”, r. 2 (1994), nr. 2, s. 4n.. Matką była Lucyna Eugenia z Pietrusiewiczów, siostra ministra budownictwa Stefana Pietrusiewicza oraz przedwojennego prezydenta Radomia Wiktora PietrusiewiczaLeszek Macanek-Kołakowski, minakowski.pl. Zmarła w szpitalu psychiatrycznym w Tworkach, gdy Leszek Kołakowski miał 3 lata.