W 1946 roku przy komisji powołano pięcioosobową Radę Naukową. W maju tego samego roku Filip Friedman wyjechał z Polski, a stanowisko kierownika objął Nachman Blumental. Przy komisji działało archiwum, którego kierownikiem był Józef Kermisz. W 1946 roku zgromadziło ono około 7000 fascykułów aktów, zawierających m.in. dokumenty Gestapo, SS i Judenratów. Zorganizowano również dział fotografii, którego szefem w 1946 roku był Gerszon Taffet, dział ten posiadał wówczas około 3000 zdjęć. Kierownikiem działu folklorystycznego i literackiego był z kolei Nachman Blumental, w kierowanym przez niego dziale zbierano m.in. pieśni z gett i obozów oraz literaturę, folklor i sztukę gettową. Pracą naukową komisji kierowała Rada Naukowa, w skład której wchodzili m.in. Filip Friedman, Rachela Auerbach, Michał Borwicz, Nachman Blumental, Alicja Eber, Noe Grüss, Michał Mirski, Nella Rost, Rita Sobol, Hersz Wasser i Józef Wulf. Powołano również Towarzystwo Przyjaciół CŻKH, na czele którego stanął dr Leon Szykier.