Do sukcesów komisji należało m.in. odnalezienie i zabezpieczenie Kroniki Getta Łódzkiego, Encyklopedii Getta, obrazów Maurycego Trębacza oraz dokumentów łódzkiego Judenratu i korespondencji Chaima Rumkowskiego, ukrytych wcześniej przez Nachmana Zonabenda. CŻKH zorganizowało także poszukiwania dokumentów zgromadzonych przez Oneg Szabat w getcie warszawskim. Zebrano także dokumenty z Podziemnego Archiwum Getta Białostockiego.
Oddziały CŻKH działały w Białymstoku, Gdańsku, Katowicach, Krakowie, Lublinie, Warszawie, Wrocławiu, Bielsku, Częstochowie, Kielcach, Kutnie, Piotrkowie Trybunalskim, Przemyślu, Radomiu, Tarnowie, Włocławku oraz w Szczecinie. Komisja współpracowała z Główną Komisją Badania Zbrodni Niemieckich w Polsce, członkowie CŻKH, wraz z m.in. Zofią Nałkowską i Władysławem Bednarzem, brali udział w wizytowaniu terenów byłych obozów (m.in. w Chełmnie nad Nerem). Komisja współpracowała także z Najwyższym Trybunałem Narodowym.
Od początku 1947 roku trwały prace związane z planowanym przeniesieniem komisji do Warszawy i przekształceniem jej w Żydowski Instytut Historyczny. Komisja została przeniesiona do Warszawy latem 1947 roku, a ŻIH rozpoczął działalność 1 października tego samego roku.