Nie była autorką żadnej monografii w ścisłym słowa tego znaczeniu, jednakże wiele napisanych przez nią artykułów miało fundamentalny charakter dla prac podejmowanych przez kolejnych historyków.
Wybrane publikacje i edycje źródeł Bibliografię całości prac Zofii Kozłowskiej-Budkowej za lata 1922–1988 zamieścił w swym artykule Stanisław Szczur.
Założenie klasztoru OO. Dominikanów w Krakowie, „Rocznik Krakowski”, T. 20, 1926, s. 1–19. Najstarszy rękopis Biblioteki Kórnickiej, „Przegląd Biblioteczny”, R. 3, 1929, s. 496–509. Płockie zapiski o cudach z roku 1148, „Kwartalnik Historyczny”, R. 44, 1930, s. 341–348. Biblioteka heraldyczna Zygmunta Luba-Radzimińskiego, „Miesięcznik Heraldyczny”, R. 10, 1931, s. 212–213. Przyczynki do krytyki dokumentów śląskich z pierwszej połowy XIII wieku,, [w:] Studia z historii społecznej i gospodarczej poświęcone Franciszkowi Bujakowi, Lwów 1931, s. 1–19. Dokument z roku 1390 w sprawie „ruszycy”, „Kwartalnik Historyczny”, R. 48, 1934, s. 65–69. Rzekomy dokument arcybiskupa gnieźnieńskiego Jakuba z roku 1136, „Collectanea Theologica”, R. 17, 1936, s. 388–390, Repertorjum polskich dokumentów doby piastowskiej. Do końca wieku XII, z. 1, Kraków 1937 Uposażenie klasztoru PP. Norbertanek w Imbramowicach (1228-1450),, [w:] Studia historyczne ku czci Stanisława Kutrzeby, t. II, Kraków 1938, s.