Twórczość naukowa Jako historyczka specjalizowała się w naukach pomocniczych historii i źródłoznawstwie. Drugim ważnym nurtem jej zainteresowań badawczych była problematyka historii Uniwersytetu Jagiellońskiego. Była także autorką wielu haseł do Polskiego Słownika Biograficznego. Przygotowała m.in. krytyczne wydanie Rocznika kapituły krakowskiej. Współzałożycielka „Małopolskich Studiów Historycznych”, których była pierwszym redaktorem naczelnym. Jak napisał Stanisław Szczur: w dorobku naukowym Zofii Kozłowskiej-Budkowej brak prac syntetycznych, obszernych monografii, czy uniwersyteckich podręczników. Ten rodzaj twórczości naukowej wyraźnie Jej nie odpowiadał. Była mistrzynią szczegółu. Ważna była. dla Niej treść nie objętość. Liczył się precyzyjnie skonstruowany przypis, udostępnienie badaczom konkretnej informacji źródłowej, wiadomości o znalezionym rękopisie. Nad własnymi tekstami pracowała długo, skracając i niszcząc kolejne wersje. Z kolei Arkadiusz Więch podkreśla, że znana była powszechnie jako mistrzyni posługiwania się małą formą.