Główną salę modlitewną (60×44 m) nakrywa kopuła o średnicy 31,3 metrów. Wysokość od posadzki do najwyższego punktu kopuły to 42,3 m – mniej niż 55,6 m Hagii Sophii, jednak mierząc od podstawy, kopuła Selimiye jest wyższa. Sinan sam miał uważać, że meczet Selimiye był szczytowym osiągnięciem jego twórczości i zarazem ukoronowaniem jego długiej kariery – architekt był czynny zawodowo przez 50 lat i wzniósł ponad 400 budowli:
Konstrukcja opiera się na ośmiu potężnych kolumnach bocznych. Dolna kondygnacja tonie w mroku. Efekt ten uzyskano przez cofnięcie ścian okien, wskutek czego wpadające przez nie światło, nie dociera do dolnej partii wnętrza. Z kolei wyżej, na galeriach, olbrzymie okna wpuszczają mnóstwo światła, podobnie jak rzędy okien znajdujące się jeszcze wyżej.
Pośrodku południowo-wschodniej ściany kibli znajduje się mihrab – widoczny z prawie każdego miejsca świątyni. Niszę mihrabu zdobią płytki ceramiczne szkliwione z İzniku. Wysoki, wąski mihrab wykonany jest z marmuru z Marmary i wykończony na górze dekoracjami stalaktytowymi – tzw. mukarnas. Po prawej stronie mihrabu stoi bogato rzeźbiony marmurowy minbar, skąd wygłaszano piątkowe kazania i powiadamiano o nowych prawach. Platforma dla muezina (tur.