Program ITER spotkał się z falą krytyki ze strony wielu organizacji. Greenpeace wyraził opinię, że energia fuzyjna jest równie niebezpieczna jak atomowa, ponieważ produkuje radioaktywne odpady i stwarza ryzyko równie groźnej katastrofy. Inne grupy zarzucają programowi ITER, że jest o wiele za drogi, szczególnie jak na inwestycję, która nie będzie generować energii i z której zysków można spodziewać się najwcześniej za 30–50 lat. Wskazuje się na istnienie alternatywnych, bardziej ekonomicznych podejść, być może posiadających większą szansę powodzenia, jak na przykład polywell. Wielu naukowców uważa z kolei, że elektrownie fuzyjne mogą okazać się niepraktyczne z powodów technicznych: wysokoenergetyczne neutrony (o energiach kilkunastu MeV) zachowują się zupełnie inaczej, niż te powstające w elektrowniach jądrowych, i mogą powodować zbyt szybkie zużywanie się tokamaka, dodatkowo stopniowo napromieniowując całą konstrukcję. Bez rozwiązania tego problemu (np. drogą zastosowania syntezy aneutronowej) nie będzie możliwe zastąpienie klasycznych elektrowni atomowych fuzyjnymi.