Zwolennicy programu utrzymują, że większość krytyki wynika z braku odpowiedniej wiedzy. Reaktory fuzyjne są projektowane tak, aby produkowały mniej niż jedną setną odpadów produkowanych przez tradycyjne elektrownie atomowe i aby nie wytwarzały izotopów radioaktywnych o długim czasie rozpadu. Krytycy wskazują jednak, że o ile w trakcie pracy ilość odpadów generowanych przez reaktor ITER będzie niewielka, to ilość odpadów radioaktywnych pozostałych do zutylizowania w momencie likwidacji reaktora po zakończeniu przezeń pracy będzie wielokrotnie większa, niż ilość odpadów po konwencjonalnym reaktorze atomowym. Zwolennicy programu wskazują również, że w reaktorze fuzyjnym nie ma żadnej możliwości zajścia niekontrolowanej reakcji, gdyż ilość paliwa, jaka znajduje się w komorze reaktora (poniżej 1 grama deuteru i trytu), wystarcza na podtrzymanie reakcji przez najwyżej minutę. Dla porównania w zwykłych reaktorach ilość paliwa jednorazowo biorącego udział w reakcji wystarcza na jej podtrzymywanie przez kilka miesięcy. Ponadto w razie ewentualnej awarii reaktor fuzyjny ma tendencję do samowygaszenia.