W roku 1990 Anglik nie startował w Formule 1. Mimo to był to najbardziej udany rok w jego wyścigowej karierze. Jadąc Jaguarem XJR-12 wspólnie z Duńczykiem Johnem Nielsenem oraz Brytyjczykiem Pricem Cobbem wygrał legendarny wyścig 24 godziny Le Mans.
Na sezon 1991 powrócił do Formuły 1, do zespołu Brabham. Zdobywając dwa punkty w Grand Prix Japonii, wywalczył piętnaste miejsce w klasyfikacji generalnej. W sezonie 1992 był kierowcą zespołu Benetton, w barwach którego jeździł wtedy również Niemiec Michael Schumacher. Dzięki dobrej, równej jeździe Brundle zdobył 38 punktów, co dało mu szóstą pozycję w klasyfikacji ogólnej. W następnym sezonie jeździł we francuskim teamie Ligier, który wówczas dysponował mocnymi i niezawodnymi silnikami Renault. Dzięki temu potrafił Brundle zdobyć 13 punktów i siódme miejsce na koniec sezonu. Sezon 1994 przejeździł w barwach przechodzącego wówczas kryzys zespołu McLaren, u boku Miki Häkkinena; zdobył 16 punktów, co dało mu ponownie siódmą pozycję w klasyfikacji generalnej. Nielubiany przez Rona Dennisa Brundle postanowił skorzystać z oferty Ligiera i wrócić do tego zespołu, by jeździć w nim w sezonie 1995. Zdobyte 7 punktów dało Brytyjczykowi 13 miejsce w klasyfikacji ogólnej.