Zgodnie z tym programem tarnowskie gimnazjum było szkołą pięcioletnią, złożoną z trzech klas gramatykalnych oraz dwóch klas humanistycznych. Każda klasa posiadała swojego nauczyciela uczącego wszystkich przedmiotów. W ustalanym centralnie planie lekcji dominowały łacina, retoryka, religia i poetyka, przedmioty matematyczno-fizyczne jedynie dopełniały program nauczania.
Zwierzchnikiem gimnazjum był prefekt, który podlegał staroście. Urzędy administracji starały się kierować życiem szkoły w każdym jego wymiarze, przez system drobiazgowych kontroli, rozporządzeń, planów i zaleceń. Pierwszym prefektem tarnowskiego gimnazjum był ks. Izydor Chrościński, doświadczony pedagog, wcześniej prefekt zlikwidowanej szkoły pijarskiej w Złoczowie. Zachowała się pisana przez niego kronika szkoły. W szkole zatrudniono sześciu nauczycieli. Fluktuacja kadr w pierwszych latach była duża, z nauczycieli kolonii akademickiej pozostał tylko nauczyciel retoryki. W 1788 roku grono pedagogiczne rekrutowało się niemal w całości z cudzoziemców, lepiej przygotowanych do realizacji programu wychowania młodzieży w duchu bezgranicznego oddania państwu i hierarchii politycznej, zgodnym z poglądami absolutyzmu oświeconego. Uczniowie mieli obowiązek uczyć się dodatkowo języka niemieckiego godzinę dziennie w szkole normalnej.