Z uwagi na słabą znajomość języka niemieckiego zarówno nauczycieli i uczniów początkowo językiem wykładowym była łacina i język polski, dopiero po okresie przejściowym łacina i język niemiecki. Kandydaci ubiegający się o przyjęcie do gimnazjum musieli znać język niemiecki i mieć ukończone trzy klasy szkoły normalnej. Początkowo gimnazjum nie cieszyło się dużym zainteresowaniem z uwagi na nieznajomość języka i ogólną niechęć społeczeństwa do programu nauczania i metod wychowania. W pierwszych trzech latach liczba uczniów nie przekraczała 100, po 10 latach zbliżała się do 200. W 1810 roku gimnazjum objęto 6-letnim programem nauczania.
W 1848 roku utworzono Ministerstwo Oświaty, które wprowadziło system edukacji wzorowany na organizacji szkolnictwa średniego w Prusach. Gimnazja podzielono na niższe i wyższe, w obu nauka trwała cztery lata. Oba typy gimnazjum stanowiły całość działającym pod jednym kierownictwem. Gimnazjum niższe przygotowywało uczniów do gimnazjum wyższego, szkoły realnej lub instytutów technicznych. Nauka w gimnazjum wyższym kończyła się nieobowiązkowym egzaminem maturalnym. Pierwsza matura w tarnowskim gimnazjum odbyła się w dniach 1–7 października 1850 roku.