Biologia i ekologia Bylina, chamefit. Występuje głównie w murawach na podłożu kwaśnym. Na Babiej Górze występuje w piętrze kosówki, na wysokości 1500–1724 m n.p.m., na obszarze o powierzchni ok. 20 ha. Kwitnie od czerwca do sierpnia. Jest rośliną jednopienną, kwiaty są albo zapylane przez owady (zapylenie krzyżowe), albo zapylają się same. U okazów rosnących na Babiej Górze jedna torebka nasienna zawiera przeciętnie 21 nasion. Rozsiewają się one w najbliższym otoczeniu rośliny (barochoria). Rogownica alpejska może też rozmnażać się wegetatywnie. Liczba chromosomów u osobników babiogórskich 2n = 72.
Zagrożenia i ochrona Kategorie zagrożenia gatunku: Kategoria zagrożenia w Polsce według Czerwonej listy roślin i grzybów Polski (2006): R (rzadki, potencjalnie zagrożony); 2016: CR (krytycznie zagrożony). Kategoria zagrożenia w Polsce według Polskiej Czerwonej Księgi Roślin: CR (critical – krytycznie zagrożony).
Wszystkie stanowiska rogownicy alpejskiej w Polsce znajdują się na obszarze Babiogórskiego Parku Narodowego. Gatunek jest też uprawiany w Ogrodzie Roślin Babiogórskich w Zawoi-Barańcowej oraz w Ogrodzie Botanicznym w Warszawie.