W latach 1893–1894 dworzec przeszedł rozbudowę, a w latach 1938-1945 został wyraźnie przebudowany według projektu architekta A. Parkmanna. Kolejne zmiany miały miejsce podczas budowy metra w latach 80. W latach 90. miał miejsce generalny remont dworca, w trakcie którego przywrócono mu wygląd jak najbliższy oryginałowi.
W 1922 r. firma Nekvasil dobudowała od wschodniej strony hali odjazdów wzdłuż ul. Hybernskiej pocztę, w 1938 r. wzdłuż ul. Na Florencu zostały zbudowane magazyny, stopniowo powstawały dalsze dobudówki. W latach 80. i 90. zostały one w dużej mierze rozebrane.
Torowiska thumb|240px|Widok na torowiska Dworca Masaryka W latach 40. XIX wieku Praga była jeszcze miastem ufortyfikowanym i mniej więcej w miejscu, gdzie dziś biegnie estakada Magistrali N-S, stały mury miejskie. Z powodu budowy dworca przebito w nich sześć zamykanych bram, każda na jeden tor; dworzec miał początkowo sześć torów – trzy dla komunikacji osobowej i trzy dla komunikacji towarowej, później po pięć. Część za murami służyła odstawianiu wagonów i ich obsłudze, a jej częścią była parowozownia z wodociągami, hangary dla lokomotyw, zajezdnie, zakłady naprawcze i magazyny.