Szereg planów rewitalizacji dworca obejmował wariant ze zmianą jego funkcji. Jednym z przedstawianych przez polityków argumentów za likwidacją jest też nieprzelotowość, co komplikuje przestawianie składów.
Projekt Nowej Łącznicy zakłada eksploatację Dworca Masaryka i jego bezpośrednie połączenie z dworcami Holešovice i Vysočany. Także większość planów jeszcze na wiosnę 2008 przewidywała, że tu będzie się kończyć linia szybkiej kolei na lotnisko Ruzyně bądź do Kladna; w grudniu 2008 władze miejskie, krajowe i ministerialne zawarły te plany w deklaracji o rozwoju.
W grudniu 2008 radny dzielnicy Praga 1 Filip Dvořák (ODS) sprzeciwił się temu, aby linia szybkiej kolei z lotniska kończyła się na Dworcu Masaryka i zaproponował, aby z Wiaduktu Negrellego biegła tunelem na nowe, podziemne perony Dworca Głównego z przystankiem u dworca autobusowego Florenc. Jako wzory działających piętrowych dworców przedstawił były Petersburg, Berlin Hauptbahnhof czy planowany nowy Dworzec Główny w Brnie. Koszty budowy tunelu oszacował na 2 mld koron, które miały by być pokryte z zysków ze sprzedaży terenów przekształconego dworca. Projekt połączenia lotniska z dworcem poparł radny Radovan Šteiner. Władze dzielnicy Praga 1 doprowadziły nawet do opracowania studium tunelu łączącego Dworzec Główny ze Smíchovem z podziemna stacją pod pl.