Podczas nauki w Viipuri otrzymał przydomek Agricola („rolnik”); przydomki oparte na statusie i zawodzie ojca były w tym czasie powszechne na uczelniach. Prawdopodobnie to tam Agricola po raz pierwszy zetknął się z tezami reformacji i humanizmu. Zwierzchnikiem zamku w Wyborgu był niemiecki hrabia Johann, sługa króla Szwecji Gustawa I Wazy, zwolennik reformacji.
W 1528 r. przeniósł się do Turku, głównego ośrodka szwedzkiej władzy w Finlandii i siedziby diecezji. Tam podjął służbę u biskupa Martina Skytte oraz spotkał pierwszego fińskiego ucznia Marcina Lutra, Petrusa Särkilahti, żarliwego propagatora idei reformacji. Särkilahti zmarł w 1529, a Agricola postanowił kontynuować jego dzieło. Został ordynowany na księdza około 1531.
W 1536 r. biskup Turku wysłał go na studia do Wittenbergi w Niemczech, gdzie studiował u Lutra i jego najbliższego współpracownika, Filipa Melanchtona. Pogłębił tam znajomość języka greckiego. Obaj reformatorzy rekomendowali go Gustawowi Wazie. Za pieniądze otrzymane w ramach stypendium od króla kupił książki, m.in. wszystkie prace Arystotelesa. W 1537 rozpoczął tłumaczenie Nowego Testamentu na język fiński.