Agricola jako rektor i biskup W 1539 r., po uzyskaniu stopnia magistra, Agricola powrócił do Turku i został rektorem tamtejszej szkoły katedralnej. Nie lubił swojej pracy, swych studentów nazywał „nieoswojonymi zwierzętami”. W tym czasie Gustaw Waza skonfiskował majątek kościelny i uczynił luteranizm religią panującą. W 1544 r. Agricola otrzymał rozkaz, by kilku utalentowanych studentów wysłał do biura podatkowego w Sztokholmie. Według niektórych opinii, Agricola zwlekał z wykonaniem polecenia, aż otrzymał je ponownie, w bardziej zdecydowanym tonie, co miało zaowocować pogorszeniem relacji z władcą.

W 1546 r. dom i uczelnia Agricoli spłonęły. 22 lutego 1548 Gustaw Waza nakazał mu odejść ze stanowiska rektora. W tym czasie był już żonaty, ale historia zna jego żonę tylko z nazwiska: Pirjo Olavintytär (Brygida, „córka Olaviego”; Birgitta Olafsdotter, Brigida Olaui). Miał jednego syna, urodzonego 11 grudnia 1550 Christiana Agricolę (Christianus Michaelis Agricola), późniejszego biskupa Tallinna.

Kiedy stary biskup zmarł w 1550, Gustaw Waza powierzył Agricoli obowiązki biskupie;