W lutym 1907 Mykoła Łysenko został na krótko aresztowany.
W latach 1908–1912 Łysenko był przewodniczącym stowarzyszenia „Klub Ukraiński”, zajmującego się działalnością społeczno-oświatową.
Życie rodzinne Latem 1868 Łysenko ożenił się z Olgą Aleksandrowną O’Connor, młodszą o dziesięć lat daleką krewną, którą kompozytor znał jeszcze z czasów dzieciństwa. Małżeństwo nie było szczęśliwe z powodu późniejszej depresji, na którą zapadła Olga. Małżonkowie nie doczekali się również potomstwa. Żona Łysenki była doskonałą sopranistką, która musiała porzucić śpiew z powodu choroby. Przypuszcza się, iż sytuacji w rodzinie Łysenków poświęcony jest utwór Łesi Ukrainki pt. „Błakytna trojanda”. Sam Łysenko poświęcił swojej żonie aż 11 utworów.
Potomstwa kompozytor doczekał się dopiero ze związku ze swą konkubiną Olgą Lipską, którą poznał podczas występów w Czernihowie. Kobieta urodziła Łysence siedmioro dzieci, z których pięcioro dożyło dorosłości. Wszystkie dzieci kompozytora miały zainteresowania muzyczne, a niektóre muzyką zajmowały się zawodowo. Córka Łysenki, Mariana, poszła w ślady ojca i została pianistką. Syn Ostap wykładał muzykę w konserwatorium w Kijowie.