Po zakwalifikowaniu do Palmachu rekruci przechodzili szkolenie pływania, wioślarstwa, sabotażu, materiałów wybuchowych, strzelania, zwiadu, łączności i kamuflażu. Palmach prowadził niezależne szkolenia dowódców drużyn i plutonów.
Okres wojny przyniósł wzmocnienie nadziei, że Brytyjczycy zmienią swoją politykę wobec żydowskiego osadnictwa w Palestynie, co doprowadziło do tego, że Hagana wezwała radykalne żydowskie organizacje Irgun i Lechi do wstrzymania antybrytyjskich działań i rozpoczęcia współpracy z nimi. Pod koniec 1944 Awraham Stern rozpoczął ataki na brytyjskie instalacje wojskowe. W rezultacie Hagana przekazała Brytyjczykom informacje o około 700 członków Irgunu i Lehi, co przyczyniło się do ich aresztowania i osadzenia w więzieniach. Palmach odegrał wówczas rolę zbrojnego ramienia Hagany, porywając kilku członków Irgunu. Zostali oni uwięzieni i poddani przesłuchaniom w celu uzyskania informacji. W proteście przeciwko takim praktykom ustąpili ze swoich stanowisk Jehuda Fishman-Maimon i Jicchak Greenboim.